梅花鹿是国家一级保护动物，被国际自然和自然资源保护联盟列为濒危种。上世纪50年代，我国境内野生梅花鹿有山西梅花鹿、华南梅花鹿、华北梅花鹿、东北梅花鹿、四川梅花鹿和台湾梅花鹿等6个亚种，近年的研究报道，6个亚种中只有3个亚种（四川亚种、华南亚种、东北亚种）幸存。华南梅花鹿在二十世纪二三十年代以前广泛分布于我国东部，由于巨大的捕猎压力以及近几十年来适宜栖息地的不断减少，种群数量锐减。目前有两个种群：一部分主要生活在浙江省临安市境内的清凉峰自然保护区及其与安徽宁国市万家乡交界地区，另一种群生活在江西东北部的彭泽桃红岭自然保护区。
清凉峰自然保护区地处浙江省西北部（临安市境内），属森林和野生动物类型保护区，兼具生物种源自然保护区和自然生态系统保护区的性质。其西面与安徽省绩溪、歙县二县相邻，并与绩溪、歙县清凉峰保护区接壤；北面与安徽宁国市毗邻；南部与浙江淳安县交界；东面与天目山国家级自然保护区遥遥相望。主峰清凉峰海拔1787.4米，系天目山脉最高峰，也是浙西第一高峰，有“浙西至巅”、“浙西屋脊”之称。保护区总面积11252公顷，由面积4482公顷的龙塘山森林生态系统区域、面积5690公顷的千顷塘野生梅花鹿区域、面积1080公顷的顺溪坞珍稀植物区域三大块组成，其中国有林面积2971公顷，集体林8281公顷；森林覆盖率91%（建区前85%）。
保护区气候复杂，横跨亚热带和温带两个季风带，季风性气候明显，植被带景观垂直层次分明，土壤类型多样，区系组成复杂，带谱完整，有一定的多样性、复杂性、古老性、原生性，不但是中国东南沿海中亚热带森林的典型代表，拥有多种珍稀、濒危植物及特有属种、模式标本植物、经济植物，而且拥有多种珍稀、濒危野生动物。据调查，清凉峰自然保护区有脊椎动物31目83科283种，昆虫1800多种，国家一级重点保护动物6种，二级重点保护动物32种和被列为省重点保护的42种动物；有高等植物2200余种，国务院1999年8月公布的国家一级保护植物3种，二级保护植物16种，以及《中国珍稀濒危保护植物名录》第一册中列为保护的物种；模式标本植物28种；20个中国特有属，11个浙江特有种，多个准浙江特有、半特有种和6种特产于本区的物种。
清凉峰自然保护区不仅是中国的一个重要生物多样性的聚集地，也是经济较发达的长江三角洲地区不可多得的物种基因库，保护的意义与责任都十分重大。
清凉峰自然保护区华南梅花鹿是分布我国最东、南端的种群，其保存的基因是国家宝贵的资源，有较高的科学研究和经济价值。其主要分布于素有“北大荒”之称的千顷塘保护区域，活动区域主要有大坪溪、小坪溪、千顷塘、大源塘、干坑一带约57平方公里。通过十几年来的有效保护，清凉峰野生华南梅花鹿种群数量呈稳定回升态势，并在保护区外围马啸、上溪一带有小种群分布。
一方面积极举办爱鸟周、野生动物保护月、生物多样性保护日等下乡进村、送教到校活动；对社区内主要狩猎人员进行摸查，并每年组织一次对社区负责人和重点狩猎人员为对象的梅花鹿保护宣传会议；积极组织青少年学生参观清凉峰科技馆，以及开展面向青少年学生的“清凉峰”杯保护野生动物有奖征文活动等，进一步增强保护区周边社区居民及青少年学生保护野生动物意识。另外以打击违法案件为典型，通过分发和张贴典型案例，提高社区居民保护梅花鹿意识。
加大对毗邻市宁国地区和保护区社区乡镇的联防力度，每年召开联防会议，打击违法狩猎行为。建立保护区管理局、保护站、保护点（哨卡）三级防护网络，对各主要进区道路设立检查哨卡，健全保护科、站、点巡护管理制度。建立梅花鹿观测站，对梅花鹿重要活动区域加强巡护监测。积极开展梅花鹿保护专项活动，在梅花鹿保护区域内开展搜夹、清吊行动，并对违法人员实施重拳打击。
在梅花鹿活动区域内，科学设立样线实施监测，对监测结果进行统计分析。加大对梅花鹿监测设备投入，建立远程视频监控系统和购置安装红外触发相机实施监测，积累了梅花鹿迁徙活动的大量科学数据。积极开展梅花鹿等野生动物破坏农作物调查、梅花鹿资源专项调查和生境食性调查，实施以通道式劈抚、宽带式劈抚、小面积片伐、食物基地建设为主要改造类型的梅花鹿栖息地生境改良，改造面积8100亩。加强与科研院所的合作，建立华南梅花鹿研究所，开展梅花鹿种群生存力和扩繁技术研究取得了明显的成效。
野生华南梅花鹿是清凉峰自然保护区首要保护对象，保护好这一稀世珍宝，维持好这一珍贵资源是清凉峰自然保护区的重要工作。通过十几年来的有效保护，清凉峰自然保护区梅花鹿保护工作取得了较好的成效。一是种群数量明显增长。建区前清凉峰华南梅花鹿种群数量为80头左右，据中科院动物所首席研究员蒋志刚老师2010年考察结果，保护区华南梅花鹿种群数量在200～300头左右；二是科研能力明显增强。2006年~2010年，通过“华南梅花鹿种群生存力及扩繁技术研究”科研项目的开展，进一步摸清了清凉峰保护区梅花鹿种群数量，掌握了梅花鹿生活习性，构建了半生态养殖技术。2011年12月，千顷塘保护区梅花鹿繁殖场成功引诱了3头野生华南梅花鹿（2母1幼），为今后开展华南梅花鹿种群扩繁奠定了较好的科研基础；三是监测水平显著提高。保护区野生动物监测主要依托远程视频监控系统、红外触发相机和样线监测等3种监测手段，通过三种监测方法的结合，梅花鹿等珍稀动物被多次记录，2010年，在千顷塘保护区监测到16头梅花鹿成群活动画面，为我们了解保护区内华南梅花鹿等主要保护野生动物的生活习性和生态习性提供了科学依据，有关保护区野生动物监测成果多次被中央、省、市媒体报道；四是梅花鹿保护意识明显增强。保护区积极开展科学研究和科普宣教是为了更好地保护自然资源和生态环境。通过开展一系列的对外宣教活动，保护区的工作不仅得到了社区群众的理解和支持，而且人们对生态环境的保护意识也得到了显著增强，自觉参与梅花鹿保护和主动劝阻、举报破坏生态环境事件的热情不断提高，增强了保护区自然资源管护能力。目前，保护区已相继成为浙江大学、浙江林学院、华东师范大学、杭州师范大学等十多所大专院校的教学基地，而且也是“全国野生动物保护科普教育基地”、“浙江省生态道德教育基地”、“浙江省生态环境教育基地”、“杭州市环境教育基地”、“杭州市青少年科普教育基地”等。清凉峰保护区已成为重要的生态文化教育基地。
梅花鹿是大自然的精灵，保护和维持好这一物种，对维持我国生物多样性、促进生态平衡和开展科学研究具有重要的意义。如何加强梅花鹿种质资源保护，一方面清凉峰自然保护区要进一步增强梅花鹿管护力度，积极推进规范化建设，围绕构建社会主义和谐社会这一目标和建设生态文明作出我们应有的贡献。另一方面，政府应切实履行好保护、挽救野生梅花鹿的责任，建立调查研究与补偿机制，将补偿金纳入财政预算和加大对珍稀濒危野生动物研究项目的补助力度，只有这样，才能有效促进梅花鹿种质资源保护。
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